建院初期，医院没有成立专门的科研管理部门，由医务科暂为管理医院科研工作。2009年4月28日成立科教科，2018年5月，医院为保障科研工作有序推进，加强科研管理工作，成立科研部。具体负责全院科研课题的申报及初评、科研成果的申报及鉴定、科研经费的使用及监督、科研课题的中期进展检查；院内新技术新业务的筛查、评审；组织开展各类学术交流活动；做好科研论文、科技档案管理工作。
为了不断规范科研管理工作，提高科技管理水平，科研部根据实际工作需要，不断地建立和完善各项规章制度，以保障医院科研工作顺利有效地进行。先后出台《内蒙古自治区第三医院（精神卫生中心）科研管理制度（试行）》，其中包括《科研项目管理办法》、《科研经费管理办法》、《科研奖励办法》、《科研工作量考核办法》、《领先（重点）学科建设管理办法》等科研管理制度。我院于2019年3月18日成立内蒙古自治区第三医院（精神卫生中心）医学伦理学委员会，规范科研工作流程，确保我院科研项目规范有序进行。
认真组织国家自然科学基金项目、内蒙古自治区卫生厅医疗卫生领先(重点)学科建设项目科研课题、内蒙古医学院青年基金项目、内蒙古自治区高等教育科研项目、内蒙古自然科学基金项目、各级各类
科研课题及自治区科技进步奖及医学会科学技术奖的申报工作。
积极组织各学科申报各级各类领先及重点学科。经过评审，我院精神卫生学为自治区临床医学重点学科，2021年又新增院内重点学科7个，分别为临床心理医学、心身医学、儿童青少年心理卫生医学、老年心理医学、睡眠医学、重性精神疾病医学和精神疾病康复医学。2022年科研部牵头管理公立医院改革与高质量发展临床重点专科建设工作，填写睡眠医学、重性精神障碍治疗与康复、老年心理医学、抑郁症、儿童青少年心理医学等5个重点专科高质量发展任务清单。根据自治区卫健委体改处牵头起草的《自治区直属公立医院临床优势重点专科高质量建设工程（2022年-2025年）》文件精神，我院睡眠医学中心、重型精神疾病中心拟获批自治区直属公立医院临床优势重点专科建设工程。
为加强医院实验室生物安全管理，切实保障实验室教学和科研工作的顺利进行，预防安全事故发生，依据《医疗机构临床实验室管理办法》、《病原微生物实验室生物安全管理条例》、《实验室生物安全通用要求》、《中华人民共和国生物安全法》等文件精神，结合我院实际，变更生物安全委员会名单及成立实验室生物安全工作领导小组。建立健全医院生物安全管理制度，负责实验室生物安全防护，定期对实验室生物安全进行监督与检查。
为了不断提高科研学术水平，医院每年投入科研经费用于更新科研设备，鼓励中青年技术骨干到国内外高水平医院进修学习，鼓励医务人员参加学术会议、发表学术论文，科研部也积极为各项学术交流
活动的开展创造条件。截至目前，我院在国家级医学专业学术委员会中任职人员达29余人次，在内蒙古自治区医院学会专业分会任职达59余人次，每年主办、承办各级各类专业学术会议约10次，多次邀请张亚林教授、赵靖平教授、黄悦勤教授等国内外知名专家来院进行科研讲座和交流。
为调动全员医务人员积极开展科研工作的积极性，医院定期召开科教表彰大会对科技进步奖获奖项目、科研立项、发表论文、医学专著、译著及参编教材、新技术新业务及各级各类医学专业委员会任职人员、科技先进科室、先进个人进行了奖励，奖励金额逐年增加极大地调动了全院医务人员积极开展科研工作的积极性，促进了我院各项工作的全面发展。
我院科研合作上也具有重要突破，2019年，由我院与北京大学第六医院及北京大学中国社会科学调查中心合作战略，共同完成了《内蒙古自治区居民心理健康状况调查》，该项目是自治区首次进行的关于居民心理健康状况调查项目，对全区11个盟市，41个旗县，246个村居，共计12300人开展问卷调查，为自治区精神卫生工作政策及规划制定、医疗资源配置提供科学依据，为心理健康服务工作提供指导。
未来3-5年坚持贯穿实施“科教兴院”的宗旨，不断完善、落实科研管理制度，提高科研水平，加快学科建设步伐，从而提高医院核心竞争力，为打造我区一流的集科研、教学、临床服务为一体的科教研医院而努力奋斗。
科研部工作职责
1、制定医院科技工作管理的各种制度、办法或实施意见。
2、组织编制医院科技工作的长期规划和年度实施计划。
3、组织申报各有关部门的科技项目，积极开拓申请渠道。
4、组织和检查各科室年度计划，掌握各类科技项目研究进度。
5、年终向上级部门上报年度计划执行情况，对管理工作进行自评分析。
6、管理并监督科技项目负责人使用好项目经费。
7、组织全院科技成果总结验收、评审、申报、赞助工作。
8、做好科技成果推广工作。
9、组织全院性的学术活动，协调各科室的学术活动。
10、加强医院和科技机构之间的科技合作。
11、组织医院伦理审查工作。
12、负责各类重点学科（专科）和重点实验室的申报、建设及管理工作。
13、负责医院实验室生物安全监督与检查工作。
14、负责医院科技统计工作和科技档案工作。
15、协助医院有关部门做好科技队伍建设。
16、完成医院领导交办的其他有关工作
